Еврокомиссия в своей предшествующей практике не одобряла планы реорганизации Estonian Air, содержавшие противоречащие друг другу бизнес-планы или изменения плана.
Основная причина заключается в трех противоречащих друг другу бизнес-стратегиях: примененном в 2011 году плане расширения, примененном в период 2012-2014 плане по сокращению деятельности и применявшемся с 2015 года плане умеренного расширения с привлечением частного инвестора Infortar.
Также в решении указано, что даже если бы комиссия приняла последнюю бизнес-стратегию и план реорганизации, остался бы ряд вопросов в области сочетания помощи по реорганизации с единым рынком. По оценке комиссии, реорганизационный период более шести лет был необычно долгим, отсутствовали достаточные компенсационные меры, а также под вопросом находился переход в пользу Infortar госпомощи.
Решение Еврокомиссии касается шести разных мер, примененных государством в отношении Estonian Air. Инъекция капитала в размере 2,4 млн евро и продажа сегмента наземного обслуживания фирме AS Tallinna Lennujaam в 2009 году не являлись, по оценке комиссии, госпомощью, поэтому государство в этих случаях не нарушило право ЕС.
В связи с четырьмя мерами помощи комиссия решила, что они являются госпомощью и не сочетаются с единым рынком, у компании следует потребовать их возврата. Это совершенная в 2010 году инъекция капитала в размере 17,9 млн евро, совершенная в годы 2011 и 2012 инъекция капитала в размере 30 млн евро, предоставленная в период 2012-2014 помощь в размере 27 млн евро и помощь по реорганизации в виде инъекций капитала в размере 40,7 млн евро.
Estonian Air могла оспорить решение Еврокомиссии до конца марта. В январе правительство решило не оспаривать решение по госпомощи. Также иск об отмене решения может подать банкротный комитет Estonian Air.
Estonian Air прекратила деятельность 8 ноября прошлого года. Государство компенсировало владельцам билетов около 16 000 билетов общей стоимостью около 6 млн евро. Банкротное производство содержит требования порядка 130 млн евро и имущество, составляющее примерно одну десятую этой суммы. Крупнейшим кредитором является государство.