По словам Прохорова, поисками Мухудинова занимается не только российское бюро Интерпола, но и генеральный секретариат организации в Лионе.

8 ноября Басманный суд Москвы заочно арестовал бывшего бойца батальона «Север» МВД Чечни Мухудинова. Ему предъявлено обвинение по части 2 статьи 105 («Убийство») и части 3 статьи 222 («Незаконный оборот оружия») УК РФ.

В январе глава Следственного комитета (СК) Александр Бастрыкин заявил, что считает убийство Немцова раскрытым. Месяцем ранее официальный представитель ведомства Владимир Маркин назвал Мухудинова заказчиком и организатором этого преступления.

Адвокат Прохоров неоднократно говорил, что не считает дело раскрытым. По его мнению, Мухудинов мог быть лишь организатором низшего звена. «Заказчики — высокопоставленные люди», — заявил Прохоров в конце декабря.

9 декабря 2015 года следствие предъявило предполагаемому исполнителю преступления Зауру Дадаеву окончательное обвинение по части 2 статьи 105 («Убийство, совершенное группой лиц по предварительному сговору из корыстных побуждений или по найму») УК РФ. Обвинения в окончательной редакции также предъявлены его возможным сообщникам Анзору и Шагиту Губашевым, Темирлану Эскерханову и Хамзату Бахаеву.

В сентябре СМИ со ссылкой на источники, близкие к следствию, сообщили, что убийство Немцова было совершено по мотивам личной мести исполнителя. Представители правоохранительных органов выражали сомнение в том, что преступление носит заказной характер.

Немцов был застрелен на Большом Москворецком мосту в центре столицы 27 февраля 2015 года. В оппозиционера попали четыре пули, он скончался на месте.