По данным неправительственных организаций, в Литве права сексуальных меньшинств обеспечиваются несколько лучше, чем в большинстве постсоветских стран, но их дискриминация все же значительно больше, чем в Западной Европе.

В обозрении, опубликованном международной организацией прав лесбиянок, геев, бисексуалов, транссексуалов и интерсексуалов ILGA — Europe , учитывались законы, определяющие равные права и недискриминацию, права на заключение брака и партнерских отношений, риторику ненависти, признание смены пола, свободы собраний и самовыражения, возможности обратиться с просьбой получения убежища лицам, которых преследуют за сексуальную ориентацию или половую идентификацию.

В этом исследовании Литва получила более высокие оценки, чем соседние Россия (48-е место) и Белоруссия (43-е), а также незначительно опередила Польшу (37-е место) и Латвию (38-е), но отстала от Эстонии (22-е).